印度尼西亚共和国共分为大雅加达首都特区、日惹特区、亚齐特区，和30省，共计33个一级地方行政区。二级行政区有396个县，93个市(2014年统计)。其他的主要经济城市包括泗水、万隆、棉兰、三宝垄和巨港等。

雅加达

首都雅加达，位于爪哇岛西北部海岸，面积661㎞²，人口916万，是全国政治、经济、文化中心和海陆空交通枢纽，亚洲南部与大洋洲之间的航运中心。早在500多年前雅加达就已成为输出胡椒和香料的著名海港,当时称“巽他格拉巴”，意即“椰子”。1527年改称查雅加达，含有胜利和光荣之意。1618年荷兰殖民军攻占，易名为“巴达维亚”。第二次世界大战期间，日本侵略军侵占印尼，直到1945年印尼独立后，改称雅加达，并被指定为共和国首都。

泗水

泗水是东爪哇省首府，城市面积为300㎞²，人口360万，是仅次于雅加达的全国第二大城市，海军主要基地，是印尼重要的制造业、农产品加工业、贸易中心之一及爪哇岛的海、空交通枢纽。因在独立斗争时期英勇抗英而被誉为“英雄城”。

棉兰

棉兰是北苏门答腊省首府,城市面积为342㎞²，人口约为180万，是印尼第三大城市。濒临马六甲海峡，是印尼对外贸易的西大门和国内外游客的主要出入境口岸之一。印尼、马来西亚和泰国经济成长三角区的成立加强了它作为苏北省和印尼北部地区发展中心的地位，推动了该市食品加工、纺织业、皮革制品、化工、建材、金属和运输工具等小工业的迅速发展。市容整洁，绿树成荫，气候宜人。市内的苏丹王宫建于1888年。

万隆

万隆是西爪哇省首府，巽他族文化中心，人口170万。地处高谷，周围群山环抱，风景秀丽，气候宜人。此地设有50余家高校及研究机构，并拥有全国唯一的飞机制造厂。著名的亚非会议曾在此举行，会议原址独立大厦现已辟为亚非会议博物馆。

日惹

日惹位于中爪哇，为全国三个省级特区之一，直属中央政府管辖。城市面积32.5㎞²，人口42万。是印尼重要的文化、教育中心，展示爪哇传统文化的窗口，也是著名的旅游胜地，拥有举世闻名的婆罗浮屠佛塔等名胜古迹。在独立战争时期，日惹是印尼共和国的第一个首都。